外部からはSSHが通せないサーバーのスクリプトを動かしたいというのがテーマ。
crontabとかではなくて、任意のタイミングで。

まず、PerlでUNIXコマンドを動かすには方法がいくつかある。

• バッククォート(=backtrick) を使って動かす。

  print `ls -al`;
  

  出力はコマンドの実行結果。

• system()やexec()などの関数を使う

  system "ls -al";
  

  出力はコマンドの返値、正否。1とか0とか。詳しくは調べて。

別にどっちを使っても構わないと思う。

次に問題になるのはログインするユーザー。

• CGIによるアクセス => nobody
• 通常のSSHアクセス => rootとか登録されたユーザーとか

ファイルを触りたい場合、suするかsudoを使うしかない。

1. suする場合
   対話型のコマンドなのでパスワードが必要なユーザーには基本的にはsuできないが、expectを使えばいける。
   詳しくは調べてー。インストール必要。
2. sudoする場合
   サーバー管理者に設定してもらう必要がある。
   セキュリティーホールを広げるものなのでー、これは基本的に非推奨だよね。

どちらにせよ、こういうことをするのはセキュリティーを下げてリスクを上げるので良くなさそう。
できそうな感じにはなったけどね。
参考までに。